Налоговые споры имеют весьма сложный и специфичный характер. В современных условиях в связи с ростом дефицита бюджета, со стороны налоговых органов усилился контроль за собираемостью налогов, являющихся основным источником пополнения бюджета.

Налоговые споры могут возникнуть не только из-за ошибок в отчётности при расчете налога выявленных в результате налоговой проверки, но и из-за отказа налоговой службы возместить НДС, как экспортный, так внутренний, налога на прибыль. Любые действия по снижению налогооблагаемой базы или суммы налога вызывает множество вопросов у налоговых органов, вплоть до блокировки расчётных счетов предприятия и передачи дела в суд.

Первое с чего необходимо начать, это оценить правомерность решений и действий налоговых органов и их должностных лиц, разработать правовую позицию налогоплательщика в отношениях с ними.

Поэтому необходимо обращаться к нормам не только Налогового кодекса РФ, но и других законодательных актов, и прежде всего процессуальных - АПК РФ, ГПК РФ, КоАП РФ.

Важно знать позиции высших судебных органов - КС РФ, ВАС РФ и ВС РФ - по спорным вопросам, а также судебную практику. Нельзя обойтись и без осведомленности о разъяснениях Минфина России и ФНС России, так как именно этими разъяснениями руководствуются налоговые органы в своей работе.

Доказательство вины, при налоговых спорах не имеют принципиальных отличий с другими судебными процессами, однако то, что  законодательство о налогах и сборах носит материально-правовой характер, особенностью которого является отсутствие специального правового процессуального порядка, накладывает определённый отпечаток на ведения процесса. 

Одним из основных отличий при доказывании в делах по налоговым спорам является то, что по некоторым делам бремя доказывания лежит на налоговом органе, даже в случае, если он выступает на процессе ответчиком.

Данное утверждение справедливо относительно обжалования по заявлению налогоплательщика актов налоговых органов, действий или бездействия должностных лиц в силу ст. 138 НК РФ. Согласно п. 6 ст. 108 НК РФ лицо считается невиновным в совершении налогового правонарушения, пока его виновность не будет доказана, кроме того, оно не обязано доказывать свою невиновность в совершении налогового правонарушения, эта обязанность возлагается на налоговые органы.

Таким образом, налоговый орган при вынесении решения в применении мер налоговой ответственности должен доказать обстоятельства совершения налогоплательщиком правонарушения.